حجت‌الاسلام‌والمسلمین سیداحمد علم‌الهدی، امام جمعه محترم مشهد در گفت‌وگویی ادعا کرده در انتخابات ۹۶ «آقای روحانی در مشهد به من اهانت زیادی کرد» و «برخی افراد هم از روی هیجان و غرض‌ورزی با این سخنان آقای روحانی در مراسم علیه بنده شعارهای توهین‌آمیزی داده بودند.» او مدعی است که رئیس‌جمهور دوره سیزدهم به دکتر روحانی گفته چرا به علم‌الهدی توهین کردید؟ و ایشان پاسخ داده: «نمی‌دانم کجا توهین کردم و اگر بفهمم جبران می‌کنم.» (خبرگزاری تسنیم، ۱۴۰۴/۰۳/۰۱)

برخلاف این ادعا، فیلم سخنرانی حسن روحانی در ورزشگاه تختی مشهد در ۲۷ اردیبهشت ۱۳۹۶ و اخبار منتشرشده در خبرگزاری‌های رسمی کشور نشان می‌دهد که وقتی شعارهایی علیه امام جمعه مشهد سر داده شد، روحانی خطاب به آن‌ها می‌گوید: «من از شما خواهش می‌کنم راجع به فرد یا کسی و مخصوصاً راجع به امام جمعه محترم چیزی نفرمایید.»

رویکرد و رویه رئیس‌جمهور و اعضای دولت‌های یازدهم و دوازدهم در قبال امام جمعه مشهد، حفظ احترام و پرهیز از هرگونه توهین، به‌رغم لحن و ادبیات تند ایشان در قبال دولت اعتدال بوده است.

روابط عمومی دفتر رئیس‌جمهور دوره‌های یازدهم و دوازدهم